Se spune ca Domnitorul Stefan cel Mare a ridicat aceasta manastire drept multumire lui Daniil Sihastrul din Voronet ce l-a sfatuit pe domn la nevoie atunci cand au navalit turcii. Mormantul sihastrului se gaseste astazi la manastire.

Atestarea manastirii se face in 1472 atunci cand domnul Stefan a scutit de plata vamii pe calugarii ce aduceau peste.

Manastirea a fost ridicata in locul schitului sihastrului Daniil si poarta hramul Sfantului Gheorghe. Inscriptiile de pe biserica atesta ca zidirea manastirii s-a facut in doar 4 luni, terminandu-se in septembrie al anului 1488. Arhiepiscopii Teofan I si Grigorie Rosca s-au ocupat de pictura din afara bisericii si au construit si o prispa.

Biserica nu este foarte mare masurand doar 25 de metri in lung si 10 metri in lat. Fiind o mare manastire de tipul celor de pe Muntele Athos, numerosi calugarii au binecuvantat-o pe timpul sihastrului Daniil inca de la ridicarea ei. Pastrandu-se de pe timpul marelui domnitor Stefan, picturile religioase din naos si altar sunt sobre, reprezentand diferite personaje impunatoare, scene precum Patimile lui Iisus, Intrarea in Ierusalim, Rugaciunea la Muntele Maslinilor, Coborarea de pe cruce, etc. In pronaos se observa legatura picturilor cu cele de la exterior, alternand figuri bisericesti si ornamente iar in pridvor se gaseste tabloul Sfantului Ilie si un calendar.

Continuandu-se la exterior, pictura realizata sub indrumarea maestrului Grigorie Rosca infatiseaza scene din Judecata de Apoi distribuita pe cinci niveluri nemaiintalnita in picturile crestine si considerata de multi ca fiind superioara picturilor de la Athos sau Pisa prin anvergura compozitiei si a decoratiunilor si stralucirii multicolore. De asemenea este de apreciat insertia in compozitie a unor instrumente populare din moldova, precum cobza sau buciumul, cat si a vesmintelor populare si a peisajelor locale. Fundalul albastru a devenit legendar, fiind cunoscut sub denumirea de „Albastru de Voronet”. In partea de sud se regasesc pictati numerosi filozofi din antichitate si Arborele lui Iesei. Sfantul Daniil Sihastrul  si Arhiepiscopul Grigorie sunt zugraviti la intrarea in biserica.  In incaperea semicirculara sunt zugravite o multime de figuri iar in partea de nord se afla pictati Adam si Eva in ipostazele simbolice: facerea lumii si legende populare.

Manastirea Voronet este considerata a fi printre primele lacase din moldova cu un stil original avand componente bizantine, gotice si locale. Scaunele asezate la dreapta si la stanga iconostasului au fost daruite de catre Stefan cel Mare in secolul al XVI-lea si se mai pastreaza si in ziua de astazi.

Atunci cand Bucovina a fost alaturata Imperiului Habsburgic in 1785 viata bisericeasca a fost intrerupta pentru a fi continuata mai apoi in 1991 avand o comunitate de calugari tanara ce savarseste sfintele rugaciuni, lucreaza in gospodarie, picteaza in ateliere si indruma oaspetii.

Istoria ridicarii manastirii (insemnata de Ion Neculce) spune ca Stefan cel Mare, suit in varful unui munte, a tras cu arcul, urmand ca pe locul in care a ajuns sageata sa se zideasca manastirea.

Dupa ce a fost cucerita cetatea Chilia, au inceput ridicarea manastirii in anul 1466 ce a durat 3 ani. Manastirii ce are ca hram Adormirea Maicii Domnului i-au fost alaturate o Casa Domneasca cat si celulele calugarilor, Turla Tezaurului si un zid cu rolul de a apara manastirea.

Desi a fost afectata de multe catastrofe si invazii, Manastirea Putna si-a continuat existenta nestingherita aducand rugi neintrerupte Tatalui Nostru.

Alte lucrari la exteriorul manastirii au fost executate dupa ocuparea habsburgica marindu-se interiorul dinspre nord, modificandu-se acoperisul, si construindu-se alte chilii pentru calugari. La inceputul secolului al XX-lea biserica a fost din nou refacuta de catre arhitectul austriac Karl Romstorfer.

La sfarsitul secolului al XV-lea Stefan cel Mare a donat osemintele Ierarhului Ghenadie pentru Manastirea Putna, manastire unde isi va gasi si el odihna 16 ani mai tarziu. Fiul acestuia, Bogdan, este de asemenea inmormantat la manastire.

Domnitorul Vasile Lupu incepe reconstruirea bisericii distruse in 1653 in acelasi an pentru ca, mai apoi, lucrarile sa fie continuate de Voievodul Gheorghe Stefan si Eustratie Dabija ce au terminat constructia 9 ani mai apoi. Alte ingrijiri se aduc manastirii la mijlocul secolului al XVIII-lea prin bunatatea arhiepiscopului Iacov Putneanul.

Cu ocazia celebrarii a patru secole de la trecerea in nefiinta a marelui domnitor Stefan cel Mare, se picteaza portretul domnitorului.

Bucovina este reintegrata ca facand parte din Romania in 1918 iar in 1966 se sarbatoresc 500 de ani de la ridicarea Manastirii Putna la nivel mondial. Zece ani mai tarziu se deschide actualul sediu al muzeului manastirii.

Partea de sud a manastirii este cercetata arheologic in anul 1980 descoperindu-se ramasitele Casei Domnesti si incepandu-se refacerea acestora.

Sfantul Sinod decide ca Stefan cel Mare sa fie canonizat avand denumirea „Binecredinciosul Voievod Stefan cel Mare si Sfant” pomenindu-se la data de 2 iulie. In 2004 s-a celebrat implinirea a 500 de ani de la moartea marelui domnitor.

Pe fata dinspre est a manastirii se gaseste stema Moldovei de pe vremea domnului C-tin Racovita din 1471 pe un turn pe sub ale carui bolti se afla intrarea in manastire iar inspre partea de vest se regasesc emblemele Moldovei si Tarii Romanesti.

Lacasul sfant gazduieste un amplu muzeu cu obiecte religioase, precum broderii, diverse documente, obiecte pentru cult si numeroase icoane.